单细胞测序技术的问世,开启了人类在单个细胞层面探索生命科学奥秘的时代。从个体到单细胞,从静态分析到时空分析,单细胞测序技术开启了细胞层面的全新革命,并且已经应用到肿瘤微环境、免疫治疗、胚胎发育、神经疾病发生发展等众多领域。
目前单细胞测序技术仍以科研应用为主,其严格的质控环节、复杂的操作、分析步骤都高度依赖科研专业人员。各种单细胞测序平台的整体实验流程大致如下图所示:
彬谷科技作为端到端整体解决方案的提供商,在单细胞测序工作流程的各个环节,我们都可以提供相应的产品解决方案,为您的工作保驾护航。
一
单细胞悬液制备(组织样本解离)
美天旎gentleMACS全自动组织解离器
高质量的样本单细胞悬液制备对单细胞测序文库质量及最终数据质量和结果至关重要。美天旎gentleMACS全自动组织解离器能够标准化处理实体组织,确保效率和可重复性,快速获得高活力的单细胞悬液,避免样本间交叉污染及气溶胶风险。该产品为10x protocol推荐产品。
温和:获得保留完整抗原表位及高活力的单细胞悬液,下游分析更可靠
可重复:自动化、标准化的程序处理完成每个独立实验
快捷:比传统手动方法更快速、更简便
安全:封闭、无菌的操作系统
二
活细胞分离
力微拓LeviCell无标记磁悬浮细胞分离富集系统
单细胞测序对细胞样本的活力要求较高(10x要求活力大于80%),组织解离得到的样本由于组织类型及细胞类型的差异,相当一部分无法直接获得活力大于80%的单细胞悬液。此时进行活细胞富集不仅可以使得困难样本得以进行后续实验、获得测序分析结果,更可以降低细胞碎片、游离核酸、线粒体引入的背景干扰,避免死细胞的基因异常表达影响真实的表达谱分析。
力微拓LeviCell无标记磁悬浮细胞分离富集系统采用无标记的物理方法(活细胞与死细胞、碎片和游离核酸密度差异很大,磁化后悬浮在固定磁场的不同高度,由此进入不同管路实现分离)温和分离活死细胞、去除细胞碎片,确保您以高得率回收高活力的细胞,不改变细胞的原生状态(无极化和抗体激活现象),得到真实表达谱的同时提升有效基因数和稀有基因表达的挖掘能力。
10x用户对比实验及分析结果展示请点击下方链接:
https://levitasbio.com/10x-landing/
三
细胞计数及活性检测
Perkin Elmer Cellometer K2
Revvity公司(原PE旗下Nexcelom公司)是细胞分析领域细胞计数技术和产品的领先供应商,可提供Cellometer K2双荧光细胞计数仪,该产品为10x protocol推荐产品。
双荧光和明场成像:只对有核细胞进行染色,可获得最准确的细胞计数和存活率%
快速获得结果:60秒内即可完成计数,可分析多种复杂样本,包括全血、外周血、脐带血、骨髓等
多视野:准确度更高,针对每个样本可捕获一个、四个或八个图像
预设多种实验和细胞参数:可快速分析细胞存活率%、细胞凋亡和转染效率,同时已保存的参数涵盖400多种细胞类型
可自定义报告:可以根据需求设计报告内容,包括创建曲线图、图片、图表和表格等内容,符合21 CFR Part 11要求
四
PCR扩增和定量
赛默飞VeritiPro PCR仪、QuantStudio qPCR仪、Qubit 4荧光计
作为PCR、qPCR和荧光定量技术的金标准供应商,赛默飞Veriti、QuantStudio、Qubit产品系列久经市场考验,确保cDNA扩增、文库构建、样品定量满足最严格的测序前处理和上机要求。
VeritiPro 产品特点:可进行梯度优化和运行快速PCR,为10x protocol推荐产品。
QuantStudio 产品特点:1.5倍单重反应分辨率,10 logs线性范围;孔间及仪器间重复性高,性能稳定;配置灵活满足多种应用,设置简便易操作。
Qubit 产品特点:快速、准确的荧光定量方法,灵敏度高、特异性强,为10x protocol推荐产品。
五
文库构建自动化
帝肯DreamPrep NGS、紧凑型DreamPrep NGS、Freedom EVO NGS工作站
作为43年历史的自动化工作站供应商,帝肯(Tecan)基于不断拓展的市场需求完成了4次产品迭代,提供强大的第三方设备整合能力,与测序上下游供应商合作提供验证可靠、可重复的文库制备方案(与下方Element Biosciences测序仪供应商已建立合作提供流程整合)。
DreamPrep NGS:基于Fluent工作站的开放平台,兼容多种NGS流程,每次运行多达96个样品的高通量处理。
紧凑型DreamPrep NGS:基于Fluent工作站的开放平台,兼容多种NGS流程,每次运行多至48个样品的中低通量台式设备。
Freedom EVO NGS:基于Freedom EVO工作站的开放平台,兼容多种NGS流程,处理通量更灵活(6/13/19/40/96个样品),通过触摸屏界面可简单快速完成设置运行,满足灵活的日常需要。
六
文库质控
凯杰QIAxcel Connect全自动核酸分析仪
凯杰作为全球领先的核酸制备及分析技术领导者一致致力于推动核酸分析流程的标准化和自动化,QIAxcel Connect全自动核酸分析仪可满足灵活的NGS文库质控需求,契合文库质控简便、快速及全面分析的要求。
最快3分钟完成12个样本的分析,单次运行通量多达96个样品
浓度低至5pg/ul DNA的高灵敏检测
分辨率可至3-5bp,标准化流程,即用预制胶卡夹安全方便
可远程监控实验进程,过程全自动,无需人工干预即可获得准确结果
七
NGS测序
Element AVITI测序仪
Element Biosciences公司的AVITI测序仪采用创新的亲和力测序技术,结合专利的低吸附片基和改进的滚环扩增(RCA),将测序数据质量推进到Q40(Q30>90%、Q40>80%),是目前行业最高标准;创新技术的整合可显著降低试剂消耗,在中通量台式机平台上实现接近NovaSeq的开机成本。
AVITI用于单细胞测序的优势汇总:
1、有效降低单细胞测序普遍存在的过高的Duplicate Rate;
2、针对10x 3' RNA-Seq的28+91bp测序读长需求,采用2*75bp芯片提供更经济、快速的测序方案;
3、中通量上样(两个独立控制流动槽,单槽读数可至1 billion)可以提高开机频率,无需凑样,确保建库后及时测序,获得更好的结果;
4、对低GC含量的高容许度可显著降低PhiX加入量,进一步减少测序数据浪费、降低成本;
5、Q40数据质量不仅可提高结果保真性,结合低Duplicate Rate更可有效降低生信分析难度和工作量。
AVITI的单细胞测序解决方案在中国已完成方法建立和验证,对应服务商为序桢达(明码)生物,欢迎咨询了解更多信息。
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